Stanice Krupka-Bohosudov leží na nejstarším úseku Ústecko-teplické dráhy z Ústí nad Labem do Teplic. Stanice byla uvedena do provozu spolu s tratí v květnu roku 1858. V roce 2022 proběhla rekonstrukce stanice, během níž bylo redukováno kolejiště a o několik desítek metrů směrem na západ naopak vznikla dvě nová nástupiště s přístřešky. Původní výpravní budova od té doby slouží jen jako technologické zázemí Správy železnic.